1955年10月15日，文山县人民检察院成立，至1966年有检察长1名、副检察长1名，一直未设立科室，实行统一办公。

1967年底，文山县检察院进驻军代表实行军管，检察院名存实亡。

1975年1月17日，第四届全国人民代表大会第一次会议通过了《中华人民共和国宪法》其中，第二五条规定，检察机关的职权由各级公安机关行使，文山县人民检察院被正式撤销。

1978年12月，中共文山县委根据新宪法第四十三条规定，研究决定恢复，重建文山县人检察院，1979年1月13日，文山县人民检察院重新成立，代理检察长1名，代理副检察长1名，1980年全院设有批捕科、起诉科、经济检察科

法纪信访科、办公室。

1988年8月，内部机构调整为法纪案件侦查科，经济案件侦查科、控告申诉检察科、侦查监督科、审判监督科、税务检察室、办公室。

1999年，设立法警中队，年底止内设有办公室、政工科、反贪污贿赂工作局、批捕科、起诉科、监所检察科、民事行政检察科、控告申诉科、检察技术科、法警大队11个科室， 

2010年12月2日，文山撤县设市进行机构改革，同年5月文山县人检察院更名为文山市人民检察院，全院机构设有办公室、政治处、反贪污贿赂局、反渎职侵权局、侦查监督科、公诉科、监所检察科、民事行政检察科、控告申诉检察科、检察技术科、职务犯罪预防科、人民监督工作办公室、法警大队、计划财务装备科、案件管理办公室、政策研究室、检察委员会办公室、监察室、古木镇检察室、马塘镇检察室。检察长1名、副检察长3名。

2018年4月13日，根据《云南省基层人民检察院内设机构改革指导意见》及云南省委机构编制办公室关于基层检察院内设机构改革方案的批复，我院内设机构设置为八部一组：侦监监督部、公诉部、刑事执行检察部、控告申诉检察部、民事行政检察部、案件管理部、政治部检务管理部、纪检组；检察长1名、副检察长2名（有2名副检察长调出）。

2019年4月，我院内设机构调整为5+2+1，第一检察部、第二检察部、第三检察部、第四检察部、第五检察部、综合业务部、政治部、办公室，检察长1名、副检察长4名。